A Raça nacional Mangalarga tem como formador principal o cavalo Álter de Portugal. Provavelmente foi Napoleão Bonaparte, ao invadir Portugal, obrigando Dom João VI a mudar-se com a corte para o Brasil, quem primeiro contribuiu para a formação desta raça. Com Dom João VI vieram também os melhores espécimes da raça Álter da Coudelaria Real de Álter do Chão. Se o principal formador do cavalo Mangalarga é o cavalo Álter de Portugal, entretanto no início deste século, muitos criadores introduziram, esporadicamente, no Mangalarga, as raças Árabe, Anglo Árabe, Puro Sangue Inglês e American Sadle Horse.
Segundo a tradição, em 1812, Gabriel Francisco Junqueira (o barão de Alfenas) filho de João Francisco Junqueira ganhou de D. João VI, um garanhão da raça Alter-Real e iniciou sua criação de cavalos cruzando este garanhão com as éguas marchadoras selecionadas na Fazenda Campo Alegre que era herança de seu pai, situada no Sul de Minas entre os municípios de Cruzília e Luminárias. Como resultado desse cruzamento, surgiu um novo tipo de cavalo que acreditamos foi denominado Sublime ou Junqueira pelo seu andar macio que foi selecionado pelo seu sobrinho João Frausino Junqueira na Fazenda Favacho perto da Fazenda Campo Alegre, exímio caçador de veados selecionava cavalos refinados mas que mantinham o andar macio, comodidade e resistência para as longas distâncias nas caçadas que eram em desfiladeiros e serras que geralmente nenhum cavaleiro conseguiria ir se o seu cavalo fosse de trote. Esses cavalos cômodos chamaram muito a atenção, e logo o proprietário da Fazenda Mangalarga trouxe alguns exemplares para seu uso em Paty do Alferes, próximo à Corte no Rio de Janeiro. Rapidamente tiveram suas qualidades notadas na sede do Brasil Império – principalmente o porte e o andamento – e foram apelidados de cavalos Mangalarga numa alusão ao nome da fazenda onde foram criados.
Em 1934 foi fundada a Associação Brasileira de Criadores de Cavalo da Raça Mangalarga (ABCCRM). Anteriormente, No começo do Século XX houve uma notável migração de parte da família Junqueira para São Paulo trouxe com consigo cavalos Mangalargas Marchadores alazães. Chegando em novo solo onde é conhecido atualmente como o Município de Orlândia, com topografia diferente, cultura diferente, onde a caçada ao veado era diferente, Orlando Diniz Junqueira experimentou cruzar suas éguas com reprodutores da raça Puro Sangue Inglês, Árabe, Anglo Árabe e o American Saddlebred Horse (Cavalo de Sela Americano) para se adaptar a uma nova topografia tendo a necessidade de um cavalo de melhor galope mais resistente e veloz por isto foi mais valorizado a marcha trotada que tem apoios bipedal de dois tempos com tempo mínimo de suspensão que cumpria as novas exigências do animal sem perder a comodidade, pois os animais de tríplice apoio apesar de serem mais cômodos não conseguiam acompanhar o ritmo alucinante das caçadas e a lida com gado em campo aberto que eram as duas maiores funcionalidades do cavalo mangalarga no estado de São Paulo. Tanto o Mangalarga Marchador como o Mangalarga ou Mangalarga Paulista, são duas raças genuinamente brasileiras, sendo esta última desenvolvida no estado de São Paulo, daí seu nome.